Terdakwa lain, Mohammed Mizanur Rahman (32) juga dilepaskan bersyarat oleh hakim.
Kedua pria - yang akan diajukan ke pengadilan tahun depan - muncul di video dari penjara Belmarsh, London selatan.
Saat sidang sebelumnya mereka mengisyaratkan akan menyatakan diri tidak bersalah.
Hakim Saunders mengatakan tidak mudah memutuskan hal ini.
"Saya tidak dipaksa di masing-masing kasus bahwa terdapat dasar yang cukup untuk meyakini masing-masing terdakwa akan sulit menyerahkan diri pada penangkapan," katanya.
"Saya lebih mengkhawatirkan tentang apakah ada dasar yang cukup untuk yakin bahwa mereka akan melakukan pelanggaran lagi."
Hakim mengatakan seharusnya mereka diawasi dengan ketat dan dikembalikan ke pengadilan jika persyaratan pembebasan bersyarat dilanggar.
Choudary dan Rahman dituduh mengundang dukungan kepada ISIS antara tanggal 29 Juni 2014 dan 6 Maret 2015 lewat posting di media sosial.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.