Setelah Pemimpin Tertinggi Iran saat itu, Ayatollah Ruhollah Khomeini, menerima gencatan senjata yang ditengahi PBB, anggota kelompok oposisi Iran yaitu Mujahidin-e-Khalq, yang dipersenjatai Saddam Hussein, menyerbu perbatasan Iran dari Irak dalam sebuah serangan mendadak. Namun Iran menggagalkan serangan itu.
Persidangan terhadap kelompok itu dimulai setelah peristiwa tersebut. Para terdakwa diminta untuk mengidentifikasi diri mereka sendiri. Mereka yang menjawab “mujahidin” divonis dengan hukuman mati, sementara yang lain ditanyai tentang kesediaannya untuk “membersihkan ladang ranjau bagi tentara Republik Islam,” demikian menurut laporan Amnesty International tahun 1990.
Kelompok hak asasi internasional memperkirakan 5.000 orang dieksekusi. Raisi saat itu bertugas di komisi tersebut.
Departemen Keuangan AS tahun 2019 memberikan sanksi kepada Raisi “atas pengawasan administratifnya terkait eksekusi individu yang masih di bawah umur pada saat melakukan kejahatan dan penyiksaan serta perlakuan atau hukuman lain yang kejam, tidak manusiawi, atau merendahkan martabat terhadap tahanan di Iran, termasuk amputasi.” Disebutkan juga keterlibatan Raisi dalam eksekusi tahun 1988.