Setidaknya satu orang dinyatakan tewas akibat tanah longsor yang menerjang rumahnya di Kota Kanuma Tochigi.
Dua puluh orang masih hilang setelah Sungai Kinugawa River di dekat kota Joso meluap, menghanyutkan mobil-mobil dan menghancurkan rumah.
Pejabat setempat telah memperingatkan adanya hujan deras dan risiko banjir lumpur.
Peringatan untuk melakukan evakuasi juga ditujukan untuk 410.000 orang di Sendai, ibukota perfektur Miyagi, pada Jumat pagi, setelah Sungai Nanakitagawa meluap dan membanjiri Izumi Ward.
Hujan deras terjadi akibat pengaruh Topan Etau, yang menerjang Jepang pada awal pekan ini.
Petugas SAR telah mengevakuasi puluhan orang dari atap rumah mereka dalam peristiwa yang dramatis. Ribuan orang telah dibawa ke tempat pengungsian sementara.
Lembaga penyiaran Jepang NHK mengatakan di kota Joso saja, hampir 700 orang masih terjebak dan menunggu bantuan pada Kamis sore.
Perdana Menteri Shinzo Abe menyatakan otoritas melakukan yang terbaik.
"Pemerintah akan bersama dan melakukan yang terbaik untuk mengatasi bencana... dengan menempatkan keselamatan hidup penduduk sebagai prioritas utama," kata Abe kepada wartawan.
Sejumlah wilayah di Jepang terutama bagian Timur dan Timur Laut mendapat peringatan cuaca buruk, termasuk perfektur Fukushima, lokasi bencana tsunami dan gempa bumi pada 2011 lalu dan masih merusak reaktor nuklir di wilayah tersebut.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.