Dari video yang dirilis militer Israel terlihat sekelompok orang menunggu tentara Israel di atas dek membawa tongkat dan pemukul. Merasa dalam bahaya, pasukan komando meminta izin menggunakan peluru tajam. Permintaan dikabulkan pukul 04.50, 20 menit setelah operasi dimulai.
Penumpang kapal tak berkesempatan melawan tentara yang bersenjata dan terlatih. Hingga pukul 05.00, Mavi Marmara sepenuhnya dikuasai Israel.
Di kapal lain, para aktivis
Satu jam setelah operasi selesai, helikopter Angkatan Udara Israel mulai mengevakuasi tentara dan penumpang yang terluka. Beberapa jam berikutnya, Turki menarik duta besarnya dari Israel, Yunani membatalkan latihan militer bersama, dan hampir setiap negara mengecam Israel.