Pada perang saudara 1960-1996 militer membunuh anggota kelompok kiri dan ribuan petani. Secara keseluruhan, sekitar 250.000 orang tewas dalam perang saudara itu.
Kala itu, Otto Perez adalah komandan militer di sejumlah kawasan. Ada dugaan, pasukan yang dipimpinnya melakukan berbagai kekerasan. Perez juga mengepalai intelijen militer yang dituduh merancang berbagai pembunuhan para rival politik.
Tetapi, di sisi lain Perez dianggap sebagai salah satu perwira progresif di dalam tubuh angkatan darat. Ia memainkan peranan kunci dalam proses perdamaian 1996 yang mengakhiri perang.
Sejauh ini Perez belum pernah dituntut melakukan kejahatan kemanusiaan dan berulang kali membantah semua tudingan kepadanya. "Saya katakan kepada Anda, semua tuduhan itu salah," tegas Otto Perez.