Mursi kemudian ditangkap lagi pada 28 Januari 2011 bersama 34 pemimpin IM lainnya. Penangkapan itu dilakukan untuk mencegah Mursi dan teman-temannya dari IM ikut serta dalam unjuk rasa yang digalang pemuda, yang akhirnya dapat menggulingkan rezim Mubarak pada 11 Februari 2011.
Namun, Mursi hanya dua hari dalam tahanan. Warga berhasil membebaskannya dari penjara ketika polisi dan aparat keamanan menarik diri dari penjara dan kantor polisi.
Dua bulan kemudian, dewan Syura IM menunjuk Mursi sebagai ketua Partai Kebebasan dan Keadilan (FJP) yang dibentuk IM. FJP adalah sayap politik IM. Setelah ditunjuk sebagai ketua FJP, Mursi mundur dari keanggotaan Al Irsyad IM, tetapi tetap sebagai anggota Dewan Syura yang beranggotakan 110 pemimpin IM.
Selama lebih dari setahun, Mursi sukses memimpin FJP untuk meraih suara mayoritas—47 persen—pada pemilu parlemen akhir tahun lalu dan awal tahun ini.
Setelah menjadi orang nomor satu di Mesir, Mursi mengundurkan diri dari jabatan ketua FJP untuk beralih menjadi pemimpin untuk semua rakyat Mesir, bukan golongan atau kelompok tertentu.
Mursi dalam pidato politiknya