Dengan cara ini Belanda dengan biaya investasi militer dan angkatan laut yang besar, secara bertahap menguasai perdagangan rempah-rempah yang kaya di Indonesia.
Antara 1614 dan 1618, Coen memonopoli cengkeh di Maluku dan pala di Kepulauan Banda.
Ketika sultan Banten menolak usahanya untuk mengontrol perdagangan lada, Coen memindahkan markasnya ke Jacatra atau Jayakarta (sekarang Jakarta) agar lebih leluasa mengejar cita-citanya.
Nama Jacatra dari Xacatara, nama yang disebut dalam dokumen Portugis. Dalam surat-surat dan laporannya, Coen juga menulis in het casteel Jacatra.
Pada Oktober 1617, ia menerima kabar pengangkatannya sebagai gubernur jenderal Hindia Belanda.
Pada akhir 1618, pasukan Inggris, dengan armada yang dipimpin oleh Sir Thomas Dale, tiba di Jacatra dan mencoba mendirikan benteng di sana.
Pertempuran laut terjadi, dengan Coen yang memiliki beberapa kapal berisi barang dagangan berharga.
Seketika dia memberi perintah untuk mempertahankan benteng Jacatra sebaik mungkin dari Inggris. Lalu, ia berangkat ke Amboina (Ambon di Maluku) untuk menata kembali armadanya.
Baca juga: Kontroversi De Oost, Film Belanda yang Berani Mengorek Kekejaman Westerling
Pada Februari 1618, sultan Banten mengalahkan pasukan Belanda di Jacatra dan mengepung benteng Belanda.
Coen melakukan beragam cara untuk mendorong pasukan Banten keluar dari Jacatra. Pada 30 Mei 1619, ia membakar kota, yang kemudian di atas reruntuhan itu didirikan kota Batavia Belanda.
Dia membangun sebuah kota berbenteng di bagian barat nusantara, yang segera menjadi pusat kekuasaan Belanda di Asia. Coen setelah itu memberi perintah untuk mengejar armada Inggris, yang telah tersebar di nusantara.
Pada Maret 1620, Belanda dan Inggris mencapai kesepakatan di London tentang perusahaan perdagangan mereka yang ingin menguasai perdagangan di nusantara.
Kesepakatan di London itu menyebutkan bahwa masing-masing perusahaan negara akan membiarkan yang lain terlibat dalam kegiatan perdagangan di pemukiman yang ada, tanpa gangguan, dan armada gabungan akan dilengkapi dengan pasukan bersama.
Coen yang telah membangun kerajaan monopoli perdagangan sejauh laut selatan Jawa, yang disebut "Kerajaan Jacatra" sedikit tidak terima sebagian dari usahanya dihancurkan Inggris. Namun, Inggris juga tidak dapat mengklaim yurisdiksi atas wilayah Jawa mana pun karena pengaruh Coen.
Pada Januari 1621, si gubernur jenderal Hindia Belanda itu memimpin armada Belanda ke Kepulauan Banda dalam kampanye penaklukan, dengan dalih menghukum Banda karena mengabaikan perjanjian komersial sebelumnya.