Targetnya adalah penaklukan Kerajaan Grenada, yang saat itu masih di bawah kekuasaan bangsa Moor yang beragama Muslim di Spanyol.
Menurut catatan sejarahnya, Isabella I dan Ferdinand menghabiskan waktu 9 tahun untuk menaklukan Kerajaan Grenada.
Kerajaan Grenada yang terus digempur, akhirnya pada 1492, berhasil dikalahakan oleh tentara Kerajaan Kastila. Itu juga menandai akhir dari kejayaan Islam di Spanyol.
Meskipun telah menandatangani perjanjian damai yang memberi umat Islam berhak untuk menjalankan agama mereka, tapi ambisi ekstrem Isabella I dan Ferdinand menyebabkan janji itu kemudian dilanggar.
Umat Islam dipaksa untuk memilih pindah agama atau meninggalkan negara itu.
Baca juga: Perempuan Berdaya: 7 Legenda Wanita Bersejarah dalam Islam
Di awal pemerintahan mereka, pada 1478, mereka membentuk Inkuisisi, pengadilan gerejawi yang memiliki kekuatan luar biasa untuk menginterogasi dan menyiksa saksi yang dicurigai melakukan bidah agama mereka.
Inkuisisi tersebut dipimpin oleh pengaku iman yang fanatik, Thomas de Torquemada, yang ditunjuk Ratu Isabella I.
Inkuisisi disetujui oleh Vatikan, tetapi Isabella I dan Ferdinand mengembangkan kendali menjadi lebih kuat atas arahan mereka.
Dalam praktiknya, hal itu menjadi cara yang efektif untuk mengontrol kesetiaan rakyat kepada Monarki Katolik dan negara Spanyol tersebut.
Inkuisisi secara bertahap cakupannya melebar selama pemerintahan mereka, ribuan orang ditangkap serta menjadi sasaran penyiksaan dan hukuman.
Sasarannya meliputi mantan Muslim dan Yahudi yang dicurigai menjalankan agama lama mereka.
Mereka menangkap siapa saja yang dianggap memiliki pandangan "tidak ortodoks" tentang agama Katolik.
Kekuatan inkuisisi sangat berhasil dalam membungkam oposisi apapun, termasuk raja terdahulu baik atas dasar agama maupun politik.
Akibatnya, penguasa feodal Spanyol kehilangan sebagian besar pengaruhnya.
Selain itu, juga menghambat perkembangan penemuan intelektual karena orang-orang takut bahwa mengungkapkan sudut pandang yang berbeda, bahkan dalam sains atau seni dapat menjadi sasaran penyelidikan dan terancam hukuman.