Polisi mengatakan, Nunez diduga kuat bertanggung jawab atas pembunuhan lebih dari 350 orang.
"Orang ini (Nunez) kami yakini bertanggung jawab atas pembunuhan lebih dari 350 orang yang ditemukan dari 23 kuburan massal," kata juru bicara masalah keamanan pemerintah, Eduardo Sanchez.
Sejumlah dokumen pengadilan AS mengatakan Guzman menyewa Nunez untuk mengamankan koridor penyelundupan ke AS dari serangan kartel Juarez.
Nunez kemudian memerintahkan para pembunuh bayaran untuk melakukan pembunuhan bahkan mutilasi terhadap anggota kartel pesaingnya.
Kartel Juarez akhirnya tersingkir dari persaingan dengan kartel Sinaloa setelah melalui perang brutal selama tiga tahun. Namun, karier Nunez tidak meredup.
Pemerintah Meksiko mengklaim, Nunez terlibat perebutan kekuasaan dengan seorang gembong penyelundup pada 2011 yang berujung pembunuhan 350 yang jasadnya ditemukan di sebuah kuburan massal di negara bagian Durango.
"Sebagian aksi kekerasan di negara bagian Chihuahua dan Durango disebabkan oleh aksi orang ini," tambah Sanchez.
Pemerintah Meksiko mengatakan Nunez (39) -yang juga diburu pemerintah AS- menghadapi hukuman penjara 40 tahun.
Joquin Guzman adalah pemimpin kartel Sinaloa, yang dianggap sebagai organisasi penyelundup narkoba terkuat di Meksiko.
Pada Februari lalu, Guzman dilaporkan tewas tertembak, namun kabar itu tidak kunjung mendapat konfirmasi.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.