Dengan rencana ini, para pengungsi dan migran akan dipindahkan dari Italia, Yunani dan Hungaria ke negara-negara anggota UE lain.
Rumania, Republik Ceko, Slovakia dan Hungaria memberi suara "menolak" penetapan kuota minimum jumlah orang yang harus mereka terima.
Namun, mayoritas anggota Uni Eropa mendukung rencana yang akan efektif dalam dua tahun ke depan.
Finlandia menjadi satu-satunya negara UE yang abstain. Polandia yang awalnya menolak usulan itu, akhirnya menyetujui.
Wartawan BBC, Chris Morris, mengatakan tak biasa isu seperti ini -yang melibatkan kedaulatan nasional- diputuskan melalui pemungutan suara. Biasanya soal seperti ini diputuskan berdasar kesepakatan semua anggota.
Kemungkinan gagal
Kebijakan ini masih harus diratifikasi oleh para pemimpin Uni Eropa dalam pertemuan kedua di Brussels hari Rabu (23/09).
Sebelumnya, pemerintah Republik Ceko mengingatkan bahwa rencana itu kemungkinan besar gagal, sekalipun mendapat persetujuan.
Badan PBB yang mengurusi pengungsi, UNHCR, mengingatkan skema relokasi tidak akan cukup, mengingat jumlah besar orang yang tiba di Eropa.
"Program relokasi saja, dalam tingkat krisis seperti ini, tak cukup untuk menstabilkan situasi," kata juru bicara Melissa Fleming.
Jumlah mereka yang butuh relokasi mungkin harus direvisi untuk memperlihatkan peningkatan yang pesat, katanya.
PBB mengatakan hampir 480.000 orang telah tiba di Eropa melalui laut tahun ini, dan kini mereka mencapai pantai Eropa dengan jumlah sekitar 6.000 orang per hari.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.