Menteri Pertahanan mengatakan, jumlah ini termasuk "beberapa teroris" yang menyerang kota di negara bagian Borno, dalam upaya pertahanan yang dilakukan para tentara.
Pejabat lokal sebelumnya memperkirakan jumlah korban tewas mencapai 2.000 orang.
Nigeria sering kali dituduh mengurangi jumlah korban untuk meminimalkan ancaman Boko Haram.
Menteri Pertahanan mengungkapkan, perkiraan jumlah korban yang lebih besar di Baga sebagai "spekulasi dan perkiraan" dan "membesar-besarkan".
Pemerintah juga menyatakan militer telah melakukan "aksi yang dibutuhkan" untuk menegakkan hukum, tetapi hanya memberikan sejumlah detail mengenai operasi untuk mengambil alih kembali kota tersebut dari pemberontak Islamis.
Sebelumnya, Uskup Agung Jos, Nigeria tengah, menuduh pihak Barat tidak memperhatikan ancaman kelompok Islam militan, Boko Haram.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.